La causa del blanquecimiento coralino es muy conocida. Los corales viven en simbiosis con algas microscópicas llamadas zooxantelas, que les proporcionan los elementos nutritivos esenciales para desarrollarse, así como le brindan los diferentes colores. Cuando se eleva unos cuantos grados la temperatura del océano, los corales expulsan estos organismos, que no dejan de ser indispensables para la supervivencia. Se agotan, mueren de hambre y pierden los colores para dejar aparecer el blanco esqueleto. Los principales factores que lo provocan son:
- temperaturas del agua crecientes o reducidas. Sobre todo en años ENOS, hay datos del Siglo XX, donde las temperaturas de los océanos aumentaron en promedio 0.74ºC (1.33°F) y los niveles de los océanos subieron 17 cm (6.7 in). Cuando las temperaturas de los océanos se encuentra más altas que de costumbre – a veces tan solo 1°C (1.8°F) por encima de la máxima normal de verano –parte de la maquinaria fotosintética de las algas zooxantelas se daña, y se forman radicales de oxígeno peligrosos. Como consecuencia de esto, el coral anfitrión empieza a expulsarlas, produciéndose el blanqueamiento.
- cambios en la química del agua, fundamentalmente incremento de la acidez del agua de mar debido al aumento del CO2 en la atmósfera,pues este gas no sólo es un problema atmosférico, ya que también se disuelve en los océanos, lo cual obstaculiza la formación de carbonato de calcio imprescindible para la formación del esqueleto de los corales y otros organismos marinos como moluscos y crustáceos.
- Sedimentación creciente. (También Puede ser contribuido por la salida del légamo de las algas bajo estres).
- Incrementos de Salinidad.
- Infecciones por patógenos.
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